El MAMG ha realizado y colaborado en diversas investigaciones de distintos ámbitos del quehacer patrimonial del archipiélago.
A través del Fondo de Apoyo a la Investigación Patrimonial el equipo del museo ha abordado la fotografía histórica y etnográfica del archipiélago. También la presencia de los yacimientos arqueológicos de isla Hornos.
Asimismo, a través del PMG Sistema Equidad de Género del Serpat (antes DIBAM), que busca poner en valor contenidos culturales con enfoque de género, desde el año 2012 se ha dado continuidad a la investigación participativa con enfoque de género junto a un grupo de mujeres de la Comunidad Indígena Yaghan de Bahía Mejillones, abordando diversos ámbitos del patrimonio indígena del territorio.
Además, investigadores especializados han estudiado nuestras colecciones y publicado interesantes artículos en torno a éstas en el marco del proyecto Bajo la Lupa, de la Subdirección de Investigación del Serpat.
